شرکت‌هایی فعال در سطح اتحادیه اروپا، عمدتاً به منظور محافظت از دستاوردها و دارایی‌های فکری خود اقدام به ثبت پتنت در دفتر ثبت اختراعات اروپا «EPO» می‌نمایند. یکی از سؤالات کلیدی پس از خروج انگلیس از اتحادیه اروپا که به «برکسیت» معروف گردیده است، نحوه تعامل با EPO و تأثیرات ناشی از برکسیت بر آن می‌باشد. بر خلاف تصورات غلط، EPO نهادی مستقل بوده و جزئی از اتحادیه اروپا به شمار نمی‌رود. به معنای دیگر، تمامی کشورهای اروپایی که توافقنامه‌های این نهاد را امضاء نموده‌اند، مکلف به حفاظت از پتنتهای تأیید شده توسط آن می‌باشند.
با توجه به برخی حوزه‌های کسب‌وکار، نظیر شرکت‌های داروسازی که انتظار دارند پتنتهای ثبت شده توسط آن‌ها در تمامی کشورها معتبر بوده و از دارایی‌های فکری آن‌ها محافظت شود، به نظر می‌رسد آغاز عملیات اجرایی خروج انگلیس از اتحادیه اروپا می‌تواند منجر به نگرانی‌های قابل توجهی در بین شرکت‌های مذکور گردد.
به اعتقاد کارشناسان، با توجه به عدم ارتباط بین EPO و سیستم قضایی اتحادیه اروپا، می‌توان گفت برکسیت بر شرایط موجود حفاظت از پتنت های ثبت شده تأثیر مستقیمی نخواهد داشت. با این حال، همه چیز به همین سادگی نیست. پیش از همه‌پرسی خروج از اتحادیه اروپا، بسیاری از کشورهای اروپایی، برخی اصلاحات در جهت بهبود و ساده‌سازی روند اعتبارسنجی نوآوری‌ها و اختراعات را آغاز نموده و به دنبال راهی برای کاهش هزینه‌ها و کوتاه‌تر شدن زمان بررسی در فرآیند ارزیابی اختراعات بودند.
راهکار پیشنهادی که در پی چندین سال بررسی و گفتگو انتخاب شده است، ایجاد قابلیت برای شرکت‌ها در جهت دریافت یک مجوز معتبر در سراسر اروپا به جای ثبت اختراعات متعدد در حوزه‌های قضایی مختلف می‌باشد. پیش از برکسیت روند اجرایی پیشنهاد مذکور کاملاً مثبت بوده و حمایت اکثر کشورها را به دنبال داشت. با این حال پس از همه‌پرسی، چالش جدی بر سر راه آن ایجاد گردیده است، چرا که عضویت در اتحادیه اروپا الزام ورود به طرح ثبت اختراع واحد می‌باشد.
در حال حاضر، انگلیس باید تصمیم خود را مبنی بر این که آیا خود را ملزم به رعایت طرح ثبت اختراع واحد می‌داند یا نه اعلام نماید؛ لازم به ذکر است، در حدود چهار ماه پس از همه‌پرسی، دولت این کشور تمایل اولیه خود برای ادامه عضویت و رعایت الزامات قانونی ناشی از آن را اعلام نمود.
یکی دیگر از چالش‌های پیش روی طرح ثبت اختراع واحد، شکایت ثبت شده در دادگاه قانون اساسی آلمان مبنی بر تضاد قانونی طرح مذکور با قانون اساسی این کشور می‌باشد. این امر ضربه‌ای بزرگ به طرح فوق‌الذکر بوده و موج جدیدی از عدم اطمینان به آن را در دیگر کشورها ایجاد نموده است.
